неделями и по (целым) неделям. Конструкции совпадают в значении «несколько недель подряд», но во второй из них содержится дополнительное указание на отрезок времени, который целиком заполняется действием или характеризуется каким-л. состоянием. Бывает так, что ребенок неделями не ходит в школу, а родители об этом узнают лишь через полтора-два месяца (С. М. Киров). По [целым] неделям, будучи больным, он не выходил из дому.
Пунктуация и управление в русском языке. Д.Э. Розенталь.