Этому препарату, приготовленному из ослабленных микробов-возбудителей какой-либо болезни, имя дала обычная корова – ведь vaccine по латыни это "коровий". Это слово пришло в русский язык из Франции, где впервые был приготовлен препарат для лечения болезни, которую называли "коровья оспа" (la variola vaccine). Впоследствии первая часть названия болезни отпала, а словом "вакцина" постепенно стали обозначать сам препарат.
Этимологический словарь русского языка. — СПб.: ООО "Виктория плюс". Крылов Г. А.. 2004.