Заимствовано в петровские времена из немецкого (Buchhalter), где это сложное слово составлено из частей: Buch – "книга" и Halter – "держатель". Бухгалтер – это тот, кто держит книгу, кто отвечает за ее ведение.
Этимологический словарь русского языка. — СПб.: ООО "Виктория плюс". Крылов Г. А.. 2004.