Считается, что это слово в его сегоднящнем виде возникло в результате языковой ошибки: ведь первоначально название этой птичке было дано чисто звукоподражательное – зиница, от "зинь", похожего на чириканье этой птахи. Но в народной этимологии произошло переосмысление этого звукоподражательного названия, которое было сближено со словом синий.
Этимологический словарь русского языка. — СПб.: ООО "Виктория плюс". Крылов Г. А.. 2004.