О последних днях Б. сохранилось свидетельство Ирины Васильевны Кончаковской, дочери владельца дома 13 на Андреевском спуске В.М. Листовничего: «Леля, младшая, трагически умерла. У нее было варикозное расширение вен и, как следствие этой болезни, гангрена. Она пережила ампутацию одной ноги, затем второй ноги. И когда гангрена переселилась на правую руку и ей опять предложили ампутацию, она сказала: «Я умру с руками»«.
Осенью 1939 г. во время последней болезни Булгакова Б. часто навещала его и заботилась об умиравшем брате. 8 ноября 1939 г. сестра Надя известила ее о болезни писателя. 17 ноября 1939 г. Б. писала: «Дорогая Надя! Сегодня я была у брата Миши, куда меня вызвали по телефону. Последние дни он чувствовал себя лучше, но сегодня перед моим уходом стал жаловаться на боли в пояснице (в области почек).
Елена Сергеевна (Булгакова, третья жена писателя. — Б.С.) тоже больна, лежит. Я буду пока к ним ездить и сидеть с Мишей. Я пока свободна и могу бывать там ежедневно. 19-го (день именин Булгакова. — Б.С.) могли бы туда приехать ты или Андрюша. Это не обязательно, но если этого Вам хочется. К нему допускают только по одному человеку и только с утра, т. к. вечерами у него врачи, процедуры, он чувствует себя плохо и очень раздражителен... Я взяла на себя роль распорядителя семейных визитов и буду тщательно и добросовестно ее исполнять (живу ближе всех, и у меня есть телефон) (квартира Светлаевых — М. Каретный переулок, 9, кв. 1 — ближе всего располагалась к квартире Булгакова в Нащокинском переулке; другие родственники жили на окраинах. — Б. С.). Представляешь, сколько к ним рвется народу и как Елене Сергеевне трудно все планировать одной!..
Я думаю, нам всем, т. е. сестрам Вере, Надежде и Елене, следовало бы повидать его до санатория. Он тяжело болен, плохо выглядит, грустно настроен... Есть такие темы, на которые ему нужно отвечать дружно и единообразно. Ел. Серг. об этом просила. Миша не курит уже 31 день. Ему трудно без папирос. Пусть Андрей (если это будет он) при нем ни в коем случае не курит. Если попадешь к Мише без меня, говори, что отцу долго не могли поставить диагноз, что поэтому в начале болезни он не соблюдал диеты и т. п. Мишу мучает мысль, что у него все, как у отца».
В эти дни Б. прочитала последний булгаковский роман. В дневнике Е. С. Булгаковой 16 января 1940 г. отмечено: «Сестра Миши — Елена пришла, читала роман запоем (Мастер и Маргарита)». До публикации романа Б. не суждено было дожить. Она умерла от гипертонии в 52 года.
Дочь Варвары Афанасьевны Булгаковой Ирина вспоминала: «Самой любимой моей тетей была Елена Афанасьевна. Несмотря на разницу в годах, мы были с ней как подруги. Е. А. была очень приветливой, доброй, милой, веселой и подвижной; с ней было легко, радостно, весело. Она постоянно что-нибудь напевала, «мурлыкала» себе под нос. У нее были красивые, густые, темно-каштановые волосы и большие серые с голубизной глаза, окаймленные пушистыми ресницами. С прекрасным характером был и ее муж – Михаил Васильевич Светлаев. Это тоже был самый мой любимый дядя. Дом Светлаевых был очень гостеприимным, вечно в нем были гости. Когда мы с мамой приезжали в Москву, то останавливались у Светлаевых и туда съезжалась со всей Москвы родня с мужьями, женами и детьми. Жили Светлаевы в Малом Каретном переулке, в большой коммунальной квартире, занимали по теперешним понятиям огромную комнату; когда она наполнялась родными, всегда стоял своеобразный шум, гам и смех! Булгаковы были все очень шумные, остроумные, веселые.
Лето мы проводили все вместе; либо московские сестры приезжали к нам в Киев (вместе с мужьями и детьми), и мы уезжали в деревню Сподарец, в очень красивое место с живописной речкой Ирпень, на берегах которой рос орешник, и с густым сосновым бором, сосны которого были высоки и всегда шумели, даже в тихую погоду, либо мы с мамой приезжали в Москву и отдыхали в Краснове, где все сестры снимали дачу, либо на станции «Сходня», где была своя дача у тетки М.В. Светлаева. На дачах жили очень весело: купались, ходили в лес, ставили спектакли, играли в крокет; Елена Афанасьевна бегала с нами под теплыми дождями и веселилась от всей души.
В светлаевскую квартиру приходил и Михаил Афанасьевич, но всегда без Елены Сергеевны, которую сестры не любили, особенно моя мама…»
Булгаковская энциклопедия. — Академик. 2009.